Se hace una incisión a través del esternón y entre los pulmones (mediastino), mientras el niño se encuentra profundamente dormido y sin sentir dolor (bajo anestesia general).

En algunas reparaciones de defectos del corazón, la incisión se realiza a un lado del pecho y entre las costillas (toracotomía), en lugar de hacerse a través del esternón. Es posible que durante la cirugía sea necesaria una derivación corazón-pulmón. Durante este proceso, la sangre del paciente se envía a través de tubos a la máquina de derivación para mantenerla oxigenada, caliente y permitir que circule al resto del cuerpo, mientras se realiza la reparación.