Durante la reparación quirúrgica de los defectos de la pared abdominal, se colocan nuevamente los órganos abdominales dentro del abdomen, reparando el defecto si es posible, o creando un saco estéril para proteger los intestinos mientras se los vuelve a colocar gradualmente en el interior del abdomen.

Inmediatamente después del parto, se cubren los órganos expuestos del bebé con vendajes tibios, húmedos y esterilizados. Luego, se inserta un sonda en el estómago (sonda nasogástrica, también llamada sonda NG) con el fin de mantenerlo vacío. Esto evita la obstrucción de los contenidos del estómago o la broncoaspiración (aspiración del contenido del estómago a los pulmones).

Mientras el bebé se encuentra profundamente dormido y sin sentir dolor (bajo anestesia general), se le hace una incisión para agrandar el orificio de la pared abdominal. Se examinan los intestinos cuidadosamente para buscar signos de daño o defectos congénitos adicionales. Se extraen las partes defectuosas o dañadas y se suturan los extremos sanos. Se inserta una sonda dentro del estómago la cual sale a través de la piel. Se colocan los órganos nuevamente dentro de la cavidad abdominal y se cierra la incisión, si es posible.

En caso de que la cavidad abdominal sea muy pequeña o que los órganos que están por fuera estén tan inflamados que no permitan cerrar la piel, se hace una bolsa con una lámina de plástico para cubrir y proteger los órganos. El cierre completo se lleva a cabo en pocas semanas. Posteriormente se podría realizar una intervención quirúrgica para reparar los músculos abdominales.

Algunas veces, el abdomen del lactante es más pequeño de lo normal y colocar los órganos dentro del abdomen aumenta la presión dentro de la cavidad abdominal, causando dificultades respiratorias. En este caso, puede ser necesario el uso de un tubo y máquina para respirar (ventilador) durante algunos días o semanas hasta que disminuya la inflamación de los órganos abdominales y aumente el tamaño del abdomen.