Inmediatamente después del parto, los órganos que están expuestos se cubren con vendajes estériles, húmedos y tibios. Se procede, entonces, a introducir una sonda en el estómago (una sonda nasogástrica, también conocida como sonda NG) para mantener el órgano vacío, lo cual evita que el paciente se ahogue con los contenidos del estómago o respire (aspire) dichos contenidos y le lleguen a los pulmones. La cirugía es llevada a cabo tan pronto como el niño logra mantener una condición estable.

Se hace una incisión para eliminar la membrana del saco, mientras el niño se encuentra profundamente dormido y sin sentir dolor (bajo anestesia general). Se examinan los intestinos, con gran minuciosidad, para buscar signos de daños o de algún otro defecto congénito (de nacimiento). Se extraen las porciones que se encuentran dañadas o que presenten defectos y se unen con sutura los bordes sanos. Se introduce una sonda en el estómago (sonda gástrica), con salida al exterior a través de la piel. Se colocan nuevamente los órganos dentro de la cavidad abdominal y se procede a cerrar la incisión (si es posible hacerlo).