La mayoría de las malformaciones cerebrales comienza mucho antes del nacimiento de un bebé. Algo daña el sistema nervioso en desarrollo o provoca un desarrollo anormal. Algunas veces, el problema es genético. En otros casos, la exposición a algunas medicinas, infecciones o radiación durante el embarazo interfiere con el desarrollo del cerebro. Los tipos de malformaciones cerebrales incluyen la ausencia o crecimiento anormal de algunas partes del cerebro y la división cerebral incompleta.

Existen malformaciones de la cabeza que no involucran al cerebro. Los trastornos craneofaciales son consecuencia del crecimiento anormal del tejido blando y los huesos de la cara y la cabeza. Es común que los bebés recién nacidos tengan la cabeza ligeramente torcida, pero los padres deben vigilar la forma de la cabeza del niño para detectar posibles problemas.