El endoscopio, un dispositivo flexible de fibra óptica con un haz de luz, es insertado por la boca hasta duodeno. A través de él se avanza un catéter que se inserta en los conductos pancreáticos o biliares. En estos conductos se inyecta un medio de contraste y se toman rayos X para evaluar su calibre, longitud y trayecto. La colangiopancreatografía retrógrada endoscópica (CPRE) se utiliza para identificar cualquier estrechamiento, cálculos o tumores que puedan encontrarse en dichos conductos.